成都大学药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室成立于2010年10月，其前身为2002年成立的分子进化工程实验室（MEE）。自建立以来，实验室结合四川拥有丰富特色农产品、天然动植物资源优势，以四川大宗农副产品和特色药食同源植物资源为研究对象，结合药理、药效学活性筛选方法寻找药食同源植物中有效物质基础及功能性成分，进行构效关系研究，探索结构修饰或全合成的方法和途径。利用形态学、分类学、分析化学、物理化学或生物化学的方法和技术对天然产物进行定性、定量分析检测方法研究，研究部适应现代消费发张需求的安全、健康、营养食品，建立药食同源植物从原料、中间体到成品的质量控制技术。

2002-2004年，承担省市科研项目5项，3个课题组进行科研工作，近40学生在本实验室完成毕业实习和毕业设计。先后同吉林大学、北京林业大学等单位进行科研交流及学术讨论会，推动生物工程系系的科研工作上了一个台阶。

2002年学校迁校升本，实验室搬到位于成都市东部的十陵镇成都大学新校6教学楼一楼，无论在硬件和软件方面都得到了较大的改善和提高，经过初步调整，使实验室配置和研究人员队伍更合理，管理更加规范。

2003年，实验室与国家医药管理局四川抗菌素工业研究所达成合作协议，成立联合实验室。同年获得成都大学科研工作一等奖，是当时成都大学唯一的校系共管科研性实验室。

2004年6月通过四川省中医药管理局专家组评估，成为中国中医药管理局二级科研性实验室。

2010年10月通过四川省教育厅专家组评估，成立成都大学药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室。

2011年从成都大学第六教学楼一楼迁至第九教学楼四楼，实验室面积扩大一倍，从原有实验用房使用面积400m2，包括4间实验室和1个无菌室，另外还有实验室办公室、研究人员休息室各1间。搬迁之后，实验室占地面积达650m2，包括11间实验室和2个无菌室，另外还有实验室办公室、研究人员休息室各1间。

2012年经四川省经济和信息化委员会认定，成立四川省功能性食品行业中心。

2016年初，实验室 搬迁至四川抗菌素工业研究所，新址占地400m2，包括15间实验室与1间办公室。布局更合理，使用效率更高。截止2015年实验室共有设备287台套，价值八百余万元。